Veliki pupek je med največjimi pupki v Evropi. V Sloveniji je splošno razširjen, a razmeroma redek, saj je izredno občutljiv na spremembe v vodnih in kopenskih habitatih.

Veliki pupek je v Sloveniji zavarovana in ranljiva vrsta, ki je uvrščena na Rdeči seznam ogroženih vrst dvoživk. Njegova številčnost se zmanjšuje zaradi izginjanja med seboj povezanih vodnih teles. V preteklih letih se je varstvo vrste začelo tudi s konkretnimi varstvenimi ukrepi – vzpostavljanjem novih stoječih voda.

• Mrestišča velikega pupka so občasne in stalne, stoječe ali počasi tekoče vode z veliko vodnega rastlinja in brez rib. Pogosto ga najdemo tudi v antropogenih habitatih, kot so gramoznice, zadrževalniki, mlake za napajanje ali vaški kali.
• Na mrestišča živali običajno pridejo konec februarja ali v začetku marca in se tam zadržujejo do tri mesece. Po oploditvi samica vsako jajce posebej zavije v liste vodnih rastlin, zato je prisotnost vodnega rastlinja ključna.
• Vodo veliki pupek zapusti najkasneje jeseni, ko se napoti proti prezimovališčem, lahko pa tudi že pred tem in dobršen del sezone preživi na kopnem.
• Večina odraslih živali se zadržuje v 250 m pasu ob mrestišču, gostota pupkov pa z razdaljo od mrestišča postopoma upada. Seli se do kilometer daleč od mrestišč, zato je zelo pomembno ohranjanje goste mreže primernih in med seboj povezanih voda.
• V zaledju vodnih habitatov veliki pupek potrebuje pestre kopenske habitate, kot so ekstenzivna travišča, grmišča in mejice z veliko skrivališči, kjer najdemo pestre združbe nevretenčarjev, ki so njegov plen. Kopenske habitate uporablja tudi za prezimovanje.

• intenziviranje rabe travnikov in spreminjanje travnikov v njive,
• intenzivna paša, zaradi katere lahko pride do evtrofikacije voda na pašnikih,
• vode s prestrmimi bregovi brez vodne vegetacije, ki predstavljajo ekološko past, saj predvsem mlade, pravkar preobražene živali ne morejo zapustiti vode,
• poenotenje kmetijske krajine in sečnja obrežne vegetacije, mejic in ostalih krajinskih značilnosti,
• vnos rib, ki plenijo mreste, ličinke in mlade živali ali pa objedajo vodno vegetacijo, v liste katere samice zavijajo jajca,
• povečana uporaba fitofarmacevtskih sredstev in gnojil v kmetijstvu,
• urbanizacija in cestna infrastruktura.